随着波兰立陶宛联盟在年建立，越来越多的鲁塞尼亚地区逐渐并入一个强盛的贵族共和国——波兰立陶宛联盟中。年，卢布林联合在同意建立波兰立陶宛联邦的情况下，将立陶宛大公国南部的鲁塞尼亚地区——加利西亚-沃尔希连、波德拉奇亚、波多里亚和基辅——并入波兰王国*领地。虽然当地贵族享有联邦贵族的全部权力，但因为被波兰文化同化的关系，他们与低下阶层不合。
这类贵族与上层的波兰族权贵一齐镇压低下阶层的鲁塞尼亚人，并且引进了反宗教改革传教士，使用犹太租赁人来经营他们的土地。
当地的东正教传统也在年受到了莫斯科大公国的冲击，因为这时的莫斯科大公国获得了教权。在北方俄罗斯的权力不断增长，它试图收复基辅罗斯的旧疆。随着君士坦丁堡被攻破，俄罗斯开始宣称东正教的中心主教现在是莫斯科与全罗斯主教。天主教对东正教的冲击于年的布列斯特联合达到极点，这个联合试图通过让处在现在的波兰立陶宛联邦疆土内的乌克兰、波兰和白俄罗斯的东正教会与罗马主教联盟，来保持这些教会的自主权。
在所有人尚未团结在一个教会之下时，自治的观念深入该地区，并在博赫丹·赫梅尔尼茨基的*事行动中浮出水面。
博赫丹·赫梅尔尼茨基乌克兰贵族出身，曾接受耶稣会教育。他在22岁时，与父亲一起在联邦服役，在摩尔多瓦权贵战争中与奥斯曼帝国交战。在君士坦丁堡沦陷后，他回归登记哥萨克的生活，与妻子和几个孩子住在家乡苏博蒂夫。他参与了王室大指挥官斯坦尼斯瓦夫·科涅茨波尔斯基发动的几场战役，曾率领代表团到华沙——国王瓦迪斯瓦夫四世那里，并大体上在哥萨克中较受尊重。
但继承指挥官科涅茨波尔斯基权贵土地的亚历山大·科涅茨波尔斯基试图夺走赫梅尔尼茨基的土地，这也让赫梅尔尼茨基的人生轨迹发生改变。年，黑黑伦长老（地方王室*府首脑）丹尼尔·恰普灵斯基为了亚历山大的利益，公开侵扰赫梅尔尼茨基，试图逼他离开土地。赫梅尔尼茨基的土地在苏博蒂夫遇袭两次，这让赫梅尔尼茨基损失惨重，儿子尤里惨败，直到赫梅尔尼茨基举家迁至他在黑黑伦的亲戚家后，这种迫害才消停。
赫梅尔尼茨基曾两次来到华沙，来寻求国王的帮助，但也只发现国王既不愿意帮忙，也无力与权贵相抗。
赫梅尔尼茨基在未能得到波兰官方支持后，转而寻求他的哥萨克朋友与下属的帮助。他发现哥萨克遭受波兰人不公平待遇的事件不止在他的团发生多起，在全部落也都有发生。赫梅尔尼茨基在年秋都在来回寻访哥萨克各团，并与全乌克兰的各个哥萨克领导人磋商。赫梅尔尼茨基的这个举动让波兰当局起了疑心，因为哥萨克起义在波兰时有发生，他于是迅速地停止寻访。
上校米哈伊洛·克雷赫夫斯基利用他的土地和一大群支持者来帮助赫梅尔尼茨基，他朝着扎波罗热哥萨克进发。
瓦迪斯瓦夫四世支持的进*奥斯曼帝国的计划遭到瑟姆否决，而这时的哥萨克已经处在了起义的边缘。哥萨克人已经准备好进攻奥斯曼帝国了，这是他们的“传统事业”，也是一获利颇丰的任务（在17世纪最开始的25年内，他们几乎每年都要侵袭黑海海岸一次），这时他们对波土和约中阻止他们进行海盗活动的条款非常愤怒
但是，要不是赫梅尔尼茨基的*事才能，哥萨克起义也许会以和从年到年的大起义一样的方式失败。他（曾参与年起义）意识到，具有精良步兵的哥萨克不会希望同波兰骑兵较量，这时的波兰骑兵可能是那时全欧最强的骑兵。但是，如果将哥萨克的步兵与克里米亚鞑靼人的骑兵结合在一起的话，也许就会中制造出一支兵力均衡的*队，并给予哥萨克击败波兰*队的机会。
赫梅尔尼茨基试图缓和哥萨克与鞑靼人之间长达一百年的敌意。他也通过同意将奴隶或基督徒俘虏（最开始是波兰战俘，但后来是将乌克兰的整片地区提供给鞑靼人，整片地区上的人鞑靼人可以随便抓（包括在年后，“集体”迁往乌克兰领地的犹太人），之后在卡法的奴隶超市将他们卖出去）提供给克里米亚汗，让哥萨克在心中形成“基督徒保护者”的概念
年1月25日，赫梅尔尼茨基将由到名哥萨克组成的分遣队带到扎波罗热部落，并很快杀死了受联邦派遣，把守大门的卫兵。他曾经在部落中利用自身的雄辩本领与外交才能，很快鼓舞起受压迫的鲁塞尼亚人的斗志。在他的手下击退了试图重夺部落的联邦*队时，更多人加入到他的事业。在月末，哥萨克大会选举他为酋长。赫梅尔尼茨基利用他大部分资源来征募更多战士。
他将使节送往克里米亚，命令克里米亚鞑靼人通过秘密攻击他们的共同敌人——联邦，来加入他的行列。
年4月，起义的消息传播到整个联邦。也许是因为他们对这次起义的规模估计不足，或者说他们想要尽快封锁消息，联邦王室大指挥官米克瓦伊·波托茨基与王室陆*指挥官马尔钦·卡利诺夫斯基在没有等待亲王耶热米·维希尼奥维茨基的增援部队的情况下，将0兵马派遣到赫梅尔尼茨基那里，这支部队由波托茨基之子斯特凡指挥。
赫梅尔尼茨基很快集结他的*队，与他的敌人（尚在途中）在佐夫提-沃蒂交锋，在这场战役中，有很多在联邦一方的登记哥萨克反戈一击，转而拥护赫梅尔尼茨基。
除了主力部队与*事领导人的损失之外，国王瓦迪斯瓦夫也在年逝世，抛下了六神无主，一片混乱的波兰*领地。贵族被农民赶得四处逃窜，他们的宫殿与土地也被夷为平地。而赫梅尔尼茨基的大*一直都在向西进发。
赫梅尔尼茨基在比拉-策尔克瓦停下了他的*队，并向波兰*领地提出一系列要求，其中包括增加登记哥萨克人数、恢复被迫减少对东正教忠诚的教会、发给哥萨克工资，这笔工资已经欠了5年了
在这一点上，农民起义的消息会让像赫梅尔尼茨基这样的世袭贵族心烦；但是，在与顾问讨论从各地收集到的资料后，哥萨克领导层马上意识到，自治的可能性已经达到了唾手可得的地步。虽然赫梅尔尼茨基与贵族和权贵之间的个人恩怨影响了他，让他成为了革命者，但是成为鲁塞尼亚国家的统治者才是他的抱负，这也是让这场起义从单纯的暴动发展成民族运动的原因。
赫梅尔尼茨基让他的*队在皮利亚夫齐战役中参与一起农民起义，给了微弱不堪，精疲力竭的波兰*队又一沉重的打击。
在兹巴拉日与兹博里夫战役后，赫梅尔尼茨基在兹博里夫条约中，为哥萨克赢得很多特权。但在战争重新开始时，他们过去的盟友克里米亚鞑靼人抛弃了他们，在哥萨克在别列斯特赫科战役惨败后，赫梅尔尼茨基被迫在比拉-策克瓦承认失败者的条约。一年后，哥萨克在巴托赫战役中雪耻
在几个月之内，几乎所有的波兰族贵族、官员和牧师被杀，或被逐出现在的乌克兰。联邦因这次起义而损失了至少万人；犹太人死伤极为惨重，因为他们是贵族*权人数最多，且最易见到的代表。起义开启了波兰历史的一个时代——大洪水（其中包括瑞典对联邦的入侵），这次起义虽然暂时地让乌克兰人脱离了波兰的统治，但很快，他们又落入俄罗斯人的手中。
年，赫梅尔尼茨基因部下被连年的战事削弱，劝说哥萨克在佩雷亚斯拉夫条约中，与俄沙皇合作，这个条约也引发了俄波战争(年-年)。虽然联邦（在年的哈蒂亚奇条约中）试图赢回对哥萨克的影响力，但是条约很快在下层乌克兰人的反对下搁置失效，新的哥萨克酋长国领袖甚至变得更忠于俄国。随着联邦国力日衰，哥萨克越来越融入俄罗斯帝国，而他们的自治权和特权也被日渐盘剥。
18世纪初，因为部分哥萨克*团在大北方战争时站在瑞典一边，以反抗俄国的彼得大帝，因此酋长国剩余的一点特权，也在战后被完全夺走。