9月20日，船队正式启航进入大西洋。此前，老巴尔波查派人给他送来可靠消息：船队中的西班牙船长们领有特别任务，他们将不会唯麦哲伦之命是从。麦哲伦早已想好应对之策，那就是绝对权威原则。
他规定：白天，所有船都必须依据旗帜的指示航行；夜晚，所有船必须跟从旗舰上的灯火指示行动。每天夜幕降临之前，所有船只都必须向旗舰靠拢，所有船长都必须亲自向海*上将致敬。任何违反规定的行为都要受到极其严厉的惩罚。
9月26日，船队到达加那利群岛的圣克鲁斯岛（SantaCruz），这是最后一块熟悉的土地。离开圣克鲁斯岛，麦哲伦指挥旗舰改变了向西直航的既定航线，把船头转向西南，由于这一改变，西班牙船长们与麦哲伦发生了首次冲突。
西班牙人的首领卡尔塔海纳要求麦哲伦解释改变航线的理由。麦哲伦决定借此机会树立自己的绝对权威。他冰冷地拒绝了卡尔塔海纳的要求，并向所有人宣布：他将独自指挥船队，任何人无权要求他做出解释。羞愤的卡尔塔海纳没有服软，他不再按照规定每天向麦哲伦致敬。
卡尔塔海纳公然违抗命令的行为并没有激起麦哲伦的反击，他展示出奇异的沉默。他不与任何船长交流，每天都独自伫立、思考。事实上，他酝酿着一次行动。很快，机会来了，一名船员犯了错，麦哲伦以征询惩罚意见为由召集4名船长来到旗舰。
卡尔塔海纳也来了，他的目的不是要处理船员犯错的事情，而是再次向麦哲伦质问改变航线的原因。麦哲伦依旧保持沉默。卡尔塔海纳不依不饶地继续逼问，两人的对峙达到顶点，这或许正是麦哲伦想要的结果。
他命令警卫将卡尔塔海纳逮捕，并告诉他：你现在是我的阶下囚，随即又宣布撤销他的全部职务。麦哲伦的态度坚决，行动果断，使其他西班牙人个个胆战心惊，这招杀鸡儆猴的手段取得成功。麦哲伦任命安东尼奥·德·科卡（AntoniodeCoca）取代卡尔塔海纳为圣安东尼奥号的船长，船队又恢复了纪律。不久，麦哲伦任命自己的表弟麦斯基塔取代科卡担任船长，完全控制了这艘最大的船只。
经过两个多月的航行，船队于11月29日抵近巴西海岸，这里是葡萄牙人的势力范围，但葡萄牙人还没有在这里建立殖民据点。当地的土著居民从四面八方向岸边聚拢，他们对船上的小商品很感兴趣。
根据比加费塔的记载，船员们用船上极其廉价的小物品可以换得比之价值高出十倍、百倍的东西。一把小梳子可以换两只鹅；一面小镜子可以换十只鹦鹉；一个小铃铛可以换得一筐白薯。当他们离开巴西时，船队上已经装满了土著人的各种货物。
沿着南美海岸，他们于年1月10日到达了拉普拉塔河（RíodelaPlata）河口，这条大河的入海口非常宽阔，以致早先到此的葡萄牙人都以为这可能是穿越新大陆的海峡。麦哲伦在葡萄牙的航海资料中看到过这个记录，而且，马丁·贝海姆那张神秘的地图上也在河口所在纬度附近标示了海峡。
麦哲伦曾经反复宣称的海峡的秘密应该指的就是这里。他派三艘较轻便的船只溯河而上进行探察。然而，越来越窄的水路无情地掐灭了麦哲伦的希望之火，归来的船只报告说，这不过是一条宽阔的河流。这一消息对麦哲伦的打击是沉重的。船员们也似乎从海*上将闪烁的眼神中看出了某种令人不安的东西，他们觉察到，这位阴郁的葡萄牙人可能发现了自己的错误。
然而，很快麦哲伦就恢复了镇定，他不动声色地带领着船队继续南行。此时，他不得不抛开马丁·贝海姆的地图和法利罗通过自负的计算得出的所有结论，独自寻找那可能存在的海峡。这位一向百折不挠的航海家一定确立了不成功便成仁的决心。
麦哲伦
在往南航行中，每到一处海湾，麦哲伦都仔细勘察，但他不得不面对一次又一次的失望。2月24日，他们到达辽阔的圣马提阿斯湾（SanMetias）。3月31日，船队进入南纬49度的圣胡利安湾（PuertoSanJulian），严寒使他们无法继续南行。
于是，麦哲伦决定在此停泊过冬，开春再起航。至此，船队已经航行超过半年，严寒已经夺去几名身体孱弱的船员的生命，几头大奶牛也早被船员们当了下酒菜。在这样的情况下，麦哲伦下达了一个更加令人绝望的命令：所有船员必须节食，以保证来年的航行。
怨声载道的船员们表达了愤怒：他们当初被告知是前往香料群岛发财的，不是前往极地忍受酷寒和饥饿的。他们质问麦哲伦，他所说的秘密海峡究竟在哪里？为什么食物缺乏不返回？然而麦哲伦却只是冰冷地重复一句话：大家都应该跟随我前进，谁也无权让我做出解释。
麦哲伦的态度彻底击溃了西班牙船员对他仅存的信任与服从。他们聚集到一直盼望着的西班牙船长们的周围。在南大西洋这个寒冷、阴郁的港湾里，在这个远离人类文明的新大陆的边缘地带，来自文明世界的一小撮人没有团结起来共同对抗可怕的风暴、刺骨的严寒、致命的饥饿和疾病，而是在一片平静冰冻的空气中酝酿起相互残杀的阴谋。
西班牙人的首领们主要包括圣安东尼奥号的两位前任船长胡安·德·卡尔塔海纳和安东尼奥·德·科卡，以及康塞普逊号船长贾斯帕·凯塞达和维多利亚号船长路易斯·德·门多萨。他们聚在一起，借助一支昏暗的蜡烛确定了行动方案。夜晚，一只小艇悄悄向船队中最大的圣安东尼奥号驶来。此时的圣安东尼奥号的船员正在熟睡，谁也不会料到在这个荒凉的、人类第一次踏足的海湾里会遭到同伴的袭击。
卡尔塔海纳和科卡登上船后直奔船长室，将在睡梦中的麦斯基塔制服，戴上了准备好的镣铐。舵手胡安·德·洛里亚加（JuandeLorriaga）听到声响，立即冲出来，要求登船的西班牙人离开，凯塞达回答他：我们不为一个蠢材卖命，然后，他用匕首结束了洛里亚加的性命。
很快，船上的水手纷纷爬出船舱，所有人都意识到了这是一场叛乱。西班牙籍水手立即团结在西班牙船长周围，帮助他们制服了船上的所有葡萄牙人。控制了圣安东尼奥号后，西班牙船长们任命塞巴斯提安·埃尔卡诺（JuanSebastiánElcano）为新任船长。
这样，在这片依旧平静的海湾里，麦哲伦和西班牙人的力量对比发生了关键性的变化。4艘有战斗力的船只中有3艘已经牢牢控制在西班牙人手中，麦哲伦似乎败局已定。但是，西班牙人并不打算直接诉诸武力，因为这样的话，他们回国后即使不会遭到国王和人民的责难，也将终生背负叛逃的恶名，对于视荣誉如生命的西班牙贵族是不能容忍的。
当黎明从东方升起，阳光扫清海面上的雾霭后，停泊在这片遥远海湾里的5艘船只依旧平静地在海涛中轻轻摇晃。一艘来自旗舰的小艇像往常一样来到圣安东尼奥号船边，招呼几名水手一起上岸寻取淡水。一名西班牙水手探出头来告诉他们：这艘船不再服从麦哲伦的命令。小艇上的水手闻声立即调转船头返回旗舰。
得到叛乱消息的麦哲伦眉头紧蹙，这是他那惯常的冷漠面颊出现的罕见表情，身边的船员从这一变化中看出了事情的严重性。很快，一艘小艇来到旗舰，西班牙水手带来一封西班牙船长的信。信中，西班牙船长态度依旧谦恭，他们请求海*上将能与他们坐下来平心静气地谈判。
摆在麦哲伦面前的道路似乎只有一条，接受西班牙船长们的建议，打开沉默之口，承认自己的误判。如果他这样妥协了，那他就不是麦哲伦。在他孤独多难的一生中，绝没有出现过妥协的字样。
他当即扣留了送信的小艇，然后把自己信任的人召集起来。大家从他坚毅的眼神中已经预知他的决定。麦哲伦把手放在船队警卫、他最信任的水手贡萨洛·戈梅斯·德·艾斯皮诺萨（GonzaloGomezdeEspinosa）的肩膀上。艾斯皮诺萨重重地点了点头，他已经领会了海*上将的意图。
5名水手跟随艾斯皮诺萨乘坐小艇向维多利亚号驶去，船长门多萨看到旗舰来人，立即指令全体船员进入战斗状态。艾斯皮诺萨态度谦恭地要求上船把和谈的信件交给门多萨。看着几名赤手空拳的水手，门多萨答应了他们的请求。
艾斯皮诺萨登上船，手里拿着信，向门多萨船长递过去。就在门多萨低头展开信的那一瞬间，一把匕首穿过了他的喉咙。正在船上的水手为这突如其来的行动惊得目瞪口呆之时，杜阿尔特·巴尔波查率领着15名全副武装的水手也登上了维多利亚号，迅速接管了船只。缓过神的西班牙水手看着倒在地上死去的船长吓破了胆。就这样，通过一次闪电般的突袭，力量的天平再次向麦哲伦倾斜