麦哲伦于年向葡王提出了远航请求。麦哲伦向国王阐释：“东方的群岛必定在离美洲西海岸不远的大南海中。摩鹿加群岛离印度和锡兰非常遥远，这样它们就不可能离美洲很远。”13但当时葡萄牙朝野和曼努埃尔国王满足于沿亨利王子、迪亚士、达·伽马等开辟的新航路扩大地盘，掠夺财富。
尽管绕道非洲的航路也很远，历时久，花费也不少，但总比向汪洋大海做毫无保障的探索要稳当得多。况且麦哲伦计划的直接目的是控制对香料群岛的贸易，而葡萄牙当时已能从印度直接弄到廉价的优质香料。加之在哥伦布航渡美洲后，葡西两国为了避免争夺殖民地的摩擦，已在年确定了划分势力范围的界限，这对葡萄牙国王也起了点约束作用。因为西行势必要侵入西班牙的势力范围。
基于以上诸多原因，曼努埃尔拒绝了麦哲伦的请求。于是，麦哲伦只得出国去寻求西班牙国王的支持。这样，就像当年哥伦布向若奥二世国王提出西航请求遭到拒绝，若奥后来又后悔不迭一样，环球航行、发现地球的伟绩和荣誉再次与葡萄牙失之交臂。年10月，麦哲伦离开葡萄牙来到西班牙的塞维利亚，不久法利罗也来到这里。麦哲伦在塞维利亚受到葡籍西班牙高级*官巴尔波查的接待，通过巴尔波查又与商会会长、西班牙印度院（IndianHouse）重要官员阿兰达结识。
年麦哲伦还娶了巴尔波查的女儿贝亚特利兹。麦哲伦和法利罗得到阿兰达的推荐，于年3月在西班牙北部的巴利亚多里德得以谒见西班牙新王查理一世。查理出生于神圣罗马帝国哈布斯堡家族，时年18岁。年他当选为神圣罗马帝国皇帝，领有西班牙、德国、南意大利、尼德兰和西属美洲殖民地，号称查理五世。查理是个权势极大，实力雄厚，热衷于欧洲和世界霸权的帝王。
麦哲伦、法利罗向国王呈献了一个绘制详细的彩色地球仪，上面标出了他所拟定的航线。当时的著名史学家拉斯·卡萨斯在《西印度通史》一书中记述说：“麦哲伦有一个画得很好的地球仪，上面画着整个世界，标出了他所建议的航线。他有意把海峡的位置留下空白，以免有人可能在他之前通过。我问他计划走什么路线，他说他要取道圣玛丽角，这就是我们所说的拉普拉塔河口；然后，再从那里沿海岸航行，直达海峡”。14他还向国王保证，可以不侵犯葡萄牙的势力范围，向西走而达到盛产香料的东方岛屿，而香料群岛也在教皇划归的西班牙势力范围内。
麦哲伦与国王的协议
按照当时的惯例，3月22日，查理一世与麦哲伦、法利罗签署了远航探险协定。这么快便达成了协定，说明了当时西、葡、其他西欧国家之间竞争的态势，形势逼人。协定责成麦哲伦、法利罗“在属于朕的海洋里发现丰富的香料以及朕最需要的而且能使我国获利的其他东西”，“扩大我们卡斯提王室的版图”。协定承诺“在此后10年内，不颁发特许状给任何想沿你们所选定的路线和方向去探险的人”。并约定“不得在葡萄牙国王陛下的分界线和境界内进行探险”。协定规定，为补偿探险者的劳绩和所冒的危险，把新发现地区的全部收入（包括利润和捐税等）的1/20分给他俩；委任麦哲伦、法利罗为新发现地区的总督，并可世袭。
每年赐给他们价值杜卡特的商品，用皇家船只运到新发现地区。协定还规定，如果发现的岛屿超过了6个，麦哲伦、法利罗便可把其中两个作为自己的领地，获得领地上全部收入的1/15。首航带回的货物，他们可留下1/5。按照协定，查理五世负责为探险提供载重60吨至吨的船只共5艘和多船员。并派人随船出海监航，去回时均要清账。
从以上协定可以看出：第一，麦哲伦远航探险的直接目的是获取香料，发现陆地和岛屿，扩张版图，而并非是*金。对香料的渴求是达·伽马开辟新航路和麦哲伦环航地球最直接的动因。第二，协定规定10年以内不允许别人沿麦哲伦可能开辟的航路和此次选定的方向去探险。这表明当时西方的商品经济关系、“专利”、“知识产权”意识已开始萌芽并渗透到探险拓殖事业中。这对于完成地理大发现是有裨益的。第三，对于探险可能带来的收益，探险者和资助者，即使他是国王，也是按协定分红的。探险者的收入分别为1/20、1/15、1/5，领地的划分是2/6，即从6个岛屿起价，四二分成。
也就是说，发现的土地越多，发现者得到的好处也就越多。收益分成制有利于调动探险者的积极性。第四，把哥伦布与伊莎贝拉女王、斐迪南国王签署的圣塔菲协定与此协定比较便可得知，它们所反映的时代特征和精神实质比较一致，后者在前者的基础上有一些发展和扬弃。例如继承了按成分红的内容，发展了特许专利的内容，扬弃了“唐”、元帅、副王这些空头称号的内容。这反映了社会的进步。协定签署后麦哲伦等立即着手远航的准备工作。查理一世也发布敕令让西班牙本土和海外的各级衙门各级官员协助麦哲伦和法利罗履行协定。
麦哲伦的远航计划得到西班牙赞助的消息立即被葡萄牙获悉。曼努埃尔国王一方面担心自己的海外利益会因之受损，另一方面也出于嫉妒，担心再次发生类似于自己的堂兄当年把哥伦布的发现拒之门外的事，便指令葡萄牙驻西班牙公使拉斯塔和驻塞维利亚领事阿尔瓦利什设法阻止。阿尔瓦利什曾找到麦哲伦，对他进行威胁和利诱。阿尔瓦利什在呈国王的信中奏道：“我向他表明，在他前面的道路上隐藏的苦难不亚于圣叶卡捷琳娜的车轮，对于他（麦哲伦）来说，最明智的办法莫过于返回祖国，回到陛下的祝福和宠幸下生活。”
年8月，远航探险的准备工作就绪。远航船队由5条配有枪炮火器的帆船组成。它们是，载重吨的旗舰特立尼达号，船长为哥米什；最大的载重吨的圣安东尼奥号，船长为卡尔塔海纳；载重为90吨的康塞普逊号，船长为凯萨达；载重85吨的维多利亚号，船长为门多萨；最小的载重75吨的圣地亚哥号，船长为茹安·塞拉奥。据16世纪初绘制并流传下来的各种绘画看，惟一完成环球航行并返回的维多利亚号是一条一头有船楼的两桅轻型帆船。
19由于法利罗因另有任职和胆怯没有参加远航，麦哲伦成为惟一的舰队司令、探险队总指挥，坐镇旗舰特立尼达号。船员共有人，主要系招募而来。其中西班牙人多人，葡萄牙人意大利人各多人，还有法、德、英、尼德兰、希腊、摩尔人、马来人、非洲人等，情况十分复杂。船员中有一位志愿随行观光的意大利维琴察小贵族安东尼奥·皮加费塔（A.Pegaffetta），他记下了这次航行的详情和始末。这是论述和研究首次环球航行最基本、最主要的原始资料。
船队备足了武器、弹药、箭矢，各种航行用具，给养淡水，各种用于交换的商品货物，包括水银、银朱（用作颜料和药品）、明矾、棉布、天鹅绒、帽子、头巾、鱼钩、铜项链、剪刀、小镜子、小铃铛、小刀、铜盆等等。为了应付远洋航行和不测，船队带足了2年的食品、修船的木料和工具以及渔具。
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