雅克·路易·大卫的名画《马拉之死》
让-保尔·马拉是极端*派雅各宾派的成员，该派系在雅各宾专*中扮演着领导的角色。作为一名新闻工作者，马拉透过他的报纸《人民之友》行使他的权力和影响力。科黛之所以会决定杀害马拉，不只是出自她对九月屠杀的强烈反感，认为马拉应该为这一切负起责任，也是因为她害怕全面内战的发生。她相信马拉的存在威胁了共和国，他的死将会为全国的暴力画下句点。
她也认为，国王路易十六不应该被处决。科黛的理想是像古希腊或罗马那样的*治结构，而这样的愿景在马拉的统治下不太可能被实现。年7月9日，科黛离开了她的堂表姐妹，带着普鲁塔克《希腊罗马名人传》的抄本前往巴黎，入住进普罗维登斯酒店（HteldeProvidence）的一个房间。在接下来的几天里，她写下《致法国人民，法律与和平之友》（AddresseauxFranaisamisdesloisetdelapaix）来解释她刺杀马拉的动机。
让-保尔·马拉
科黛最初的计划是要在整个国民公会面前刺杀马拉，她打算以此惩罚他。但是抵达巴黎后她才发现马拉已经不再参加会议，他的健康因皮肤病（也许是泡疹样皮炎）而恶化，全身溃疡，必须以药水浸泡全身，整日泡在带有药液的浴缸中工作。她被迫改变计划，事先寄了两封信给马拉，内容提到她有重要的情报想告诉他，几天后会去他家见他。
7月13日早晨，科黛穿戴整齐走出旅馆，买了一把厨房用刀，刀身有6吋（15公分）长，她将刀藏在披风下，租了一辆马车来到马拉家门口，宣称她得知了卡昂的吉伦特派即将起义的计划。她被马拉未婚妻西蒙妮·埃夫拉的姊妹凯瑟琳·埃夫拉（CatherineEvrard）拒之门。
当天傍晚，科黛再度回到马拉宅前。当她再度和守门人起争执时，被浴缸中的马拉听见了，马拉想起前几天收到的匿名信件，以命令的口吻说“让她进来”。于是守门人将夏洛特带入浴室，她这时终于见到马拉。马拉问她有什么重要情报，科黛说：“支持吉伦特的议员来到卡昂，正在到处煽动群众，打算造反……”马拉问共有多少人，科黛说有18人，马拉说他需要更详细的名单。
由画家让-雅克·豪尔所描绘的夏洛特·科黛。作画于处刑前数小时。
科黛遂逐一讲出每位成员的名字，马拉用笔一一记录，并露出得意笑容，说道：“好极了！用不了几天，他们就在巴黎的断头台上了。”话音刚落，科黛以小刀刺向马拉的胸口，刺穿肺部、主动脉和左心室，鲜血四溅。马拉大声呼喊“帮帮我，亲爱的朋友！”（Aidez-moi,machèreamie!），然后就死了。
达到目的后，科黛并没有试图逃跑，而是平静地站在窗户边。听到马拉的呼喊，西蒙妮冲进了房间。跟她一起来的还有马拉的报纸经销商，后者抓住了科黛（虽然她并没有试图逃跑）。另外还有两名邻居、一名*医和一名牙医试图想救起马拉。一段时间后，共和国官员抵达马拉宅来审问科黛，并且让歇斯底里的人群冷静下来。科黛被搜出旅行证、出生证，还有针线，此外并没有其它的文件。一位议员认为科黛的胸部有文件，执意搜查，遭到她的激烈抵抗，双手伤痕累累，最后摔倒在地，胸部敞露在外。一些议员看不下去，对其松绑，让她整理衣服。之后，马拉的尸体从浴缸中搬出，被放置到床上，而夏洛特·科黛则平静、有尊严地以双手被绑在身后的状态被押解者带到了亚贝监狱。
年描绘夏洛特·科黛刺杀马拉图
针对科黛的审讯提问，着重在她的行动是不是吉伦特派策划的更大阴谋的一部分。科黛坚决表示是她一个人独自构思和执行了计划。她称呼马拉为“囤积者”（hoarder）、“怪物”（monster），还说他只有在巴黎受到敬重。她相信她之所以只凭一击就成功刺杀马拉，是运气而不是经过练习的成果。夏洛特·科黛的谋杀罪行在当时遭到普遍的谴责，她在监狱里已经写好遗书。
7月17日，科黛被法院判处死刑，当天下午5点在革命广场的断头台执行。在判决结果出来后，科黛向法院询问是否能描绘她的肖像，据称是为了要记录下她的真实自我。她恳求道：“因为我还有一点时间可以活，市民们，我希望你们会允许我为自己画画。”取得同意后，科黛选择了国民警备队中的一位艺术家让-雅克·豪尔（Jean-JacquesHauer）来当她的画家，这名艺术家在之前的审讯中便已经开始描绘她。豪尔的画作在科黛被押上死囚押送车的不久前完成，作画途中有让科黛本人检视成品并且提出建议改善。
夏洛特·科黛被处决前的画像.
当处刑人夏尔·亨利·桑松抵达牢房并准备接走他的犯人时，画家豪尔仍在作画当中。桑松发现科黛似乎相当冷静、沉着，她就坐在单人牢房正中央的一张椅子上，由一位宪兵看守。当他靠近时，科黛抬头看他，将帽子脱掉。她就这样坐在椅子上，任由桑松剪掉她那奢华的黑色长发。剪完后，她将其中一绺或两绺头发送给了画家，将剩余的头发交给了监狱看守，要求他转交给他那曾经帮助过科黛的妻子。
夏尔·亨利·桑松为她的平静沉着感到惊叹，并且将她该穿的红色女性衬衣（chemise）交给她，在科黛顺从地将其穿上时转过身去等待。接着，他便开始用绳子捆绑科黛的双手，这时她问能不能戴上手套，她宣称，因为上一个人捆绑她的时候将她的手捆绑得很紧，以致于绳索在她脆弱的手腕上留下了擦伤。处刑人同意了她的请求，为了让她放心，补充道，即使她没有穿上手套，他也会确保绳子不会对她造成任何的不适。
詹姆斯·吉尔雷于年绘制的讽刺漫画，描绘科黛被审判时的情形，法官被刻意画得像猴子一样。
夏洛特露出微笑并且大声呼喊道：“的确，你应该知道该怎么做。”，之后便平静的将双手伸出来，交叉着背在身后交给桑松绑紧。接着桑松便将她带到死囚押送车停靠的地方，科黛婉拒了桑松要她坐下的提议，桑松也同意她，指出在通过颠簸的鹅卵石子路时，站着的确比较不那么难捱。于是游行队伍便朝着已经人潮拥挤的街道出发了。
沿途市民叫骂声不断，也有不少市民惊艳于她的美貌，他们简直无法相信，眼前这位看上去柔弱美丽而又文静的女孩竟然是杀人凶手。夏尔·亨利·桑松后来在他的日记中写下一切，承认他无法将目光从他的犯人身上移开。
标语不自由毋宁死雅各宾俱乐部
抵达目的地下车后，桑松发现部分观众和他的助手们混在一起了。在他和宪兵清空这块区域时，夏洛特·科黛自己下了车，毫不犹豫地踏上断头台的台阶。在她抵达平台后，桑松的其中一位助手费尔明（Fermin）取下她的领巾，而她就在没有旁人催促的情况下自己主动走近断头台，在铰链板的前方就定位。在她向前行进时，桑松移动到她和断头台之间，试图从她的视线中挡住断头台。在当时只有极少数女性曾经被断头台处刑过，而处刑人担心女性会因为见到断头台而恐慌、昏厥，这会扰乱精心设计的处刑程序。
“请让开，先生（citizen）。”夏洛特坚定的说。“我以前从未见过断头台，很想知道它看起来是什么样子。”
诺曼底，科黛出生的房子
科黛被斩首后，有位崇拜马拉的木匠弗朗索瓦·勒·格罗（FrancoisleGros）将首级提起示众，并且掌掴她的面颊。处刑人桑松尽最大的礼数来对待并尊重科黛，他非常愤怒，立刻大声叫喊要他停下。
年7月27-28，共和国第2年，雅各宾俱乐部关闭
据当时的目击者回忆，这时尸首的脸上竟显现出“明显愤怒的表情”，有数十名观众发誓，勒格罗没有打的另一面脸颊也变红了，就好像在恼怒。勒格罗的举动招致了围观市民所不齿，他因此被判入狱3个月。科黛死后被进行尸检，检查人员宣布她仍是处女。尸体被弃置在玛德莲公墓，紧临着路易十六。报导则指出科黛的头颅落入了玛丽·波拿巴公主手中，成为她的所有物。